Ведет свою историю с 19 сентября 1940 года, когда Приказом Народного комиссара обороны СССР № 0323 из состава 1-го Московского Краснознаменного военного авиационно-технического училища связи были выделены отдельные школы по специальностям ВВС.
Одна из таких школ, размещенная в городе Тушино Московской области, приказом НКО СССР № 049 от 5 февраля 1941 получила наименование 2-й Московской военной авиационной школы механиков спецслужб ВВС и послужила началом образования института.
С началом Великой Отечественной войны в октябре 1941 года школа была эвакуирована в город Абдулино Чкаловской области для дальнейшего обучения личного состава.
7 марта 1943 года школа авиамехаников возвратилась в Тушино Московской области.
В октябре 1943 г. ГКО СССР принимает решение о переводе школы из Тушино в город Серпухов
18 августа 1944 года школе было вручено на вечное хранение Красное знамя и Грамота Президиума Верховного Совета СССР.
В период с 1946 по 1948 год осуществляется переход к подготовке механиков по специальному оборудованию боевых машин реактивной авиации — это шаг к подготовке будущих специалистов—ракетчиков.
Директивой Генерального Штаба ВС СССР № ОРГ/5/96511 от 23 декабря 1948 года 2-я Московская военная авиационная школа авиамехаников спецслужб ВВС преобразована в Серпуховское военное авиационно-техническое училище спецслужб ВВС СССР, которое стало готовить офицеров-техников.
15 марта 1960 года Серпуховское училище было включено в состав Ракетных войск стратегического назначения.
Приказом Министра обороны СССР № 0027 от 10 марта 1962 года Серпуховское военное авиационно-техническое училище спецслужб ВВС СССР преобразовано в Серпуховское высшее военное командно-инженерное училище, в составе двух факультетов. В 1972 году был открыт третий факультет, а в 1977 году — четвёртый.
1983 - приказом Министра обороны СССР № 0143 от 13 июня 1983 года Серпуховское высшее военное командно-инженерное училище переименовано в Серпуховское высшее военное командно-инженерное училище ракетных войск имени Ленинского комсомола.
Базовым ракетным комплексом для изучения в 80-е годы был "Пионер" (РСД—10), в конце 80-х годов — "Тополь" (РС-12М), а в 90-е годы еще и "Тополь-М" (РС-12М2).
1998 - постановлением Правительства Российской Федерации № 1009 от 29 августа 1998 года и в соответствии с Приказом Министра обороны Российской Федерации № 417 от 16 сентября 1998 года Серпуховское высшее военное командно-инженерное училище ракетных войск имени Ленинского комсомола преобразовано в Серпуховской военный институт ракетных войск.
С ноября 2009 года Серпуховский военный институт функционирует в качестве филиала Военной академии РВСН имени Петра Великого.
Структура филиала:
Факультет №1 "Стартовых и технических комплексов ракет". Факультет создан в 1962 году. Изначально назывался факультет №1 "Боевого применения ракет и эксплуатации двигателей и наземного механического оборудования". В 1965 году состоялся первый выпуск офицеров для РВСН. Факультет осуществляет подготовку курсантов военного института по специальностям: стартовые и технические комплексы ракет и космических аппаратов; автомобили и автомобильное хозяйство.
Факультет №2 "Системы управления ракет". Факультет создан в 1962 году.
Факультет №3 "Ядерного вооружения". Факультет создан в 1971 году.
Факультет №4 "Автоматизированных систем управления". Факультет создан в 1977 году. Факультет осуществляет подготовку специалистов для РВСН по специальностям: "Автоматизированные системы передачи и обработки информации", "Применение и эксплуатация АСУ ракетных комплексов", "Применение и эксплуатация средств РЭБ", а также специалистов для подразделений РЭБ и структур ФСО и ФСБ.
Факультет №5 "Связи". Факультет создан в 2010 году.
Начальники (с 1943 - с момента перевода в Серпухов):
